ちょっと調べてみました。
※間違っている部分があるかもしれません。その場合はコメント欄に書き込んでください。

電車でGO!

山陰本線キハ58→運用終了（221系・223系に置き換え）
京浜東北線209系→運用終了（現在はE233系で運用中）
東海道本線（JR京都線）221系→現在も運用中
山手線205系→運用終了（E231系に置き換え）

電車でGO!2高速編

ほくほく線HK100形/681系2000番台→現在も運用中
東北・秋田新幹線E3系→まもなく引退（E6系に置き換え）
〃　E1系/200系→運用終了
奥羽本線/田沢湖線701系→現在も運用中
東海道本線（JR神戸線）207系→〃（旧塗装）
東海道本線（JR神戸線）223系→〃
東海道本線（JR神戸線）201系→運用終了

電車でGO! プロフェッショナル仕様

東海道線185系/215系以外全て→運用終了
〃185系/215系→現在も運用中
信越本線115系→〃（※E129系投入が予定されている）
JR京都線205系/485系/583系→運用終了（205系は2011～13年まで一時運用していた）
大阪環状線103系/223系0番台/381系→現在も運用中
寝台特急はやぶさ→廃止
鹿児島本線715系→運用終了
鹿児島本線715系以外→現在も運用中

電車でGO!3 通勤編

中央線快速201系→運用終了（E233系に置き換え）
中央線各駅停車103系/201系→運用終了
中央線各駅停車209系→現在も運用中
篠栗線キハ58系/キハ66系→運用終了
鹿児島本線キハ72系→現在も運用中

電車でGO! 名古屋鉄道編

キハ8500系/7000系→運用終了
1600系→定期運用終了
美濃町線→廃止
モノレール線→廃止

電車でGO! 新幹線 山陽新幹線編

0系/100系/300系→運用終了
500系/700系7000番台→現在も運用中（500系はのぞみとしての運用は終了しており、また8両に減車してこだまとして運用している）

電車でGO! プロフェッショナル2

湘南新宿ラインE217系/E231系/251系→現在も運用中
鶴見線103系→運用終了（余談だが、ゲーム内で205系投入について述べられている。）
湖西線113系/117系/207系/221系/223系/681系/683系→現在も運用中
〃　201系/413系/419系/485系→運用終了
瀬戸大橋線213系→運用終了（223系に置き換え）
〃213系以外→現在も運用中
長崎・佐世保線783系/817系→現在も運用中

電車でGO! FINAL

山手線E231系→現在も運用中
中央線253系→運用終了（E259系に置き換え）
〃183系→定期運用終了（E257系などに置き換え）
〃115系/E257系/E351系→現在も運用中
東海道本線キハ181系→運用終了（キハ189系に置き換え）

第一作目に登場した列車で現在も運用しているのは221系が唯一なんだな…
それも最近221系は車体更新が行われており、更新が全編成で完了すれば…
秋田新幹線E3系もダイヤ改正で引退するみたいだし。